Naudodami peptidus dažnai susiduriame su peptidų grynumo ir peptidų kiekio rodikliais. Daugelis žmonių gali stebėtis, kodėl jų peptidų grynumas yra 95%, bet peptidų kiekis yra tik 80%. Taip yra todėl, kad tai dvi visiškai skirtingos sąvokos.
Peptidų grynumas: peptido grynumas reiškia tikslinio peptido kiekį, aptiktą ties 214 nm (214 nm yra peptidų grandinės sugerties bangos ilgis), naudojant HPLC analizę.
Peptidų kiekis: nurodo peptidų procentą, palyginti su ne{0}}peptidinėmis medžiagomis mėginyje.
Peptido grynumas reiškia tikslinio peptido kiekį, aptiktą HPLC, esant 214 nm (214 nm yra peptidinės grandinės sugerties bangos ilgis). Be tikslinio peptido, HPLC gali aptikti priemaišas, įskaitant: ištrintas sekas (tikslinėse sekos, kuriose nėra vienos ar daugiau aminorūgščių liekanų), sutrumpintas sekas (sekos, sukurtos apsaugos metu) ir nevisiškai pašalintas sekas (kurios atsiranda sintezės arba galutinio skilimo proceso metu). Tačiau HPLC negali aptikti vandens ir likusių druskų, tokių kaip trifluoracetatas (TFA) ir acetatas. Peptidų sintezės metu peptidų seka atskeliama nuo dervos naudojant TFA, o gryninimo metu taip pat susidaro nedidelis TFA kiekis. Todėl laisvas amino galas ir kitos peptido šoninės grandinės, tokios kaip Arg, Lys ir His, gali generuoti nedidelį kiekį TFA priemaišų. Kita problema yra drėgmė. Peptidai paprastai dehidratuojami naudojant liofilizaciją, tačiau net ir tokiu atveju vanduo gali egzistuoti įvairiais laipsniais, priklausomai nuo kovalentinio surišimo pajėgumo. Todėl pristatytuose peptiduose paprastai yra TFA druskų ir vandens pėdsakų, kurių negalima aptikti HPLC, todėl skiriasi peptidų kiekis ir grynumas.
